茶多酚
茶多酚是茶叶中30多种多酚类化合物的总称，其中最重要的是儿茶素类化合物，它是一类结构复杂的化合物。绿茶中儿茶素含量最高，发酵类茶在加工过程中儿茶素被氧化聚合成茶黄素、茶红素、茶褐素等一系列有色化合物，它们对发酵茶品质和汤色有重要影响。在普洱茶发酵过程中，微生物产生多酚氧化酶能有效地引起多酚类物质发生变化，多酚类物质较发酵前减少了60％左右，其中儿茶素减少了70％左右，而水不溶性茶多酚增加了70％左右，促使普洱茶茶汤的收敛性和苦涩味较发酵前显著降低，从而形成了普洱茶独特的醇厚口感。
咖啡碱
咖啡碱是茶叶中主要的嘌呤碱，是构成茶汤的重要滋味物质，在一定浓度范围内与普洱茶品质呈正相关。在茶叶发酵过程中，霉菌可以增加咖啡碱的含量，而酵母则降低其含量；在霉菌中，黑曲霉的作用最大，可以显著增加咖啡碱的含量。
不同微生物对普洱茶在渥堆过程中咖啡碱含量变化的影响不同。米曲霉和青霉的发酵过程中，咖啡碱的含量处于一直上升趋势，这可能是由于它们利用咖啡碱的能力有限，咖啡碱消耗不多；而在酵母、米曲霉和青霉的发酵初期，咖啡碱的含量减少，但在12d左右，其含量开始逐渐增高；这可能因为是咖啡在发酵初期被消耗，而随着时间的推移，微生物代谢所产生的咖啡碱逐渐增高，含量开始上碱升。
氨基酸
氨基酸占茶叶干质量的l％～5％，茶叶中氨基酸的种类已发现有28种，其中茶氨酸含量占氨基酸总量50％以上，是茶叶所特有的一种氨基酸。氨基酸具有很高的水溶性，使茶汤具有明显的鲜爽甘甜的滋味。
黑曲霉在发酵过程中可产生20多种水解酶，而酸性蛋白酶(肽酶)能将蛋白质水解成游离的氨基酸，从而影响普洱茶的风味和品质。氨基酸的种类和含量对茶汤的滋味和色泽有较大影响。如：茶氨酸具有鲜爽味，谷氨酸具有酸鲜味。氨基酸和糖类物质发生羰氨反应，形成褐色物质，有助于普洱茶外观色泽及茶汤颜色的改善。但随着普洱茶贮藏时间的加长，普洱茶中游离氨基酸总量明显降低，其中丝氨酸、甘氨酸、丙氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、组氨酸已基本消减。
普洱茶后发酵过程中，咖啡碱呈增加趋势，但感官审评发现，茶汤多数并不苦涩，浓醇度反而提高，甜醇风味增强。这与苦味物质茶多酚的降低，醇甜物质(氨基酸)相对增加，呈苦味的茶叶生物碱(包括咖啡碱)与茶色素通过某种作用结合，使其呈味物质协调重组密切相关。
其他代谢产物
构成普洱茶滋味的物质还有一些微生物降解茶叶中生物大分子(多糖、蛋白质、核酸和脂肪)而成的代谢产物。
茶叶中的纤维素能在分泌纤维素酶的微生物作用下被分解成简单的糖类物质。能够分解纤维素的微生物很多，包括需氧细菌(如噬纤维素菌属、生孢噬纤维素菌属、纤维弧菌属和纤维单胞菌属等)、厌氧菌(以梭状芽胞杆菌属为主)、放线菌(如诺卡氏菌、小单孢菌和链霉菌等)和真菌(如木酶、葡萄穗霉、曲霉、青霉、根霉和嗜热霉等)。与纤维素相比，半纤维素更容易被微生物分解。曲霉、根霉和木霉等均能分泌半纤维素酶。
微生物可利用蛋白质和核酸的降解产物作为其生长所需的氮源和能源物质。蛋白质能够在微生物分泌的胞外酶(蛋白酶)的作用下水解成短肽，进而在肽酶的作用下进一步分解成氨基酸。真菌具有分解天然蛋白质的能力。曲霉属、毛霉属、芽孢杆菌属、某些梭状芽孢杆菌属、变形杆菌属、假单胞菌属、小球藻属、许多放线菌等分解蛋白质的能力较强。某些微生物可通过分泌核酸酶(包括核糖核酸酶和脱氧核糖核酸酶)水解磷酸二酯键生成低级多核苷酸或单核苷酸。
微生物一般不利用脂肪作为碳源或能源物质，但当其他能源与碳源物质不存在时，许多微生物便开始分解并利用脂肪。假丝酵母、镰刀菌和青霉菌等属的真菌具有较强的产脂肪酶能力，能够将脂肪水解成甘油和脂肪酸进而进入TCA循环。
青霉属微生物菌丝废料中含有丰富的蛋白质、矿物质和B族维生素，且其代谢产生的青霉素对杂菌、腐败菌可能有良好的消除或抑制作用，从而对普洱茶滋味的形成具有辅助作用。根霉属真菌生长时乳酸的形成，有利于普洱茶粘滑和醇厚品质的形成。
参考文献：高晓余，严亮等，微生物多样性与普洱茶品质关系研究进展
