一、选料不同
1、祁门红茶鲜叶选料为“槠叶种”茶叶。槠叶种茶叶，叶形为椭圆或长椭圆形，叶质柔软。一芽二叶蒸青茶样化验数据显示，其多酚类含量为31.11%，水浸出物含量为44.72%，儿茶素总量为146.59mg/g，氨基酸总量为5.42%。槠叶种茶叶内含物丰富，酶活性高，也适合制作绿茶。 
2、滇红茶鲜叶选料为“云南大叶种”茶叶。滇红主产区位于滇西南澜沧江以西，怒江以东的高山峡谷区，包括临沧的凤庆县、版纳的勐海县、双江、保山的昌宁县等这些地区的茶树生长环境土壤多以砖红壤和赤红壤为主，土质疏松、腐质土深厚，故茶叶内含物质丰富。以凤庆大叶种茶叶为例，一芽二叶蒸青茶样含茶多酚30.19%，儿茶素总量134．19毫克/克，氨基酸2.90%，咖啡碱3.56%，水浸出物45.83%。 
二、干茶特点不同
1、祁门红茶，其条索紧秀有锋苗，茶叶外形纤巧紧结，苗秀显毫，色泽乌润。 
2、滇红茶干茶身骨重实，色泽乌润或红褐且匀净，茸毫显露。以南茗佳人“红颜”为例，这款茶精选临沧凤庆大叶种茶芽孢打造而成，其条索肥壮紧实，色泽红褐亮丽，金毫显著。
三、香气不同
1、滇红茶的香气高扬清劲。花果香显著，浓而不艳，有种沁人心脾的感觉。
2、祁门红茶的香气较馥郁，其中以蜜糖香、果香为主，上品祁红略显兰花香，此种香气被茶业界称为“祁门香”。
四、滋味不同
1、滇红茶的茶汤红透明亮，金圈突出。其滋味丰润饱满，刺激性强，回味鲜爽。此外，滇红茶适合制作调饮茶，其滋味特色为：浓、强、鲜。如，加牛奶后仍有较强茶味，奶香与茶香相得益彰。 
2、祁门红茶汤色似琥珀色，鲜艳明亮，金圈厚而艳。其滋味醇厚，甘鲜且回味绵长。
五、叶底不同
1、祁门红茶叶底叶芽色泽红艳，细嫩柔软。
2、滇红茶叶底肥厚红润。
