现设有茶树种质创新与改良中心、茶树种植工程中心、茶树植保研究中心、茶叶加工与检测中心、茶业经济与茶文化研究中心、科技成果示范转化中心及云南省第165国家职业技能鉴定所等职能部门。
全所现有在职职工127人，其中专业技术人员72人，研究员3人，副研究员（高级实验师、高级工程师）25人，博士3人，硕士20人，云南省技术创新人才3名，云岭产业技术领军人才1人，硕导3名。
建所以来，先后完成了200多个研究项目，共获国家级、省部级等各类科技成果奖60余项（省部级一等奖2项），发表科技论文600余篇，出版专著10部；建有全国面积最大、保存2000余份珍稀茶树资源的“国家种质大叶茶树资源圃（勐海）”、“云南省茶树种质资源创新与配套栽培工程技术研究中心”、“云南省茶叶科技创新中心”等科技创新平台；选育出“云抗10号”、“云抗14号”、“云茶1号”等32个国家级、省级茶树良种，并在茶区大面积推广，其中国家级良种“云抗10号”仅在云南茶区推广面积达160万亩；首批获准茶树新品种保护2个；研制出了“云海白毫”、“滇红香曲”、“普洱茶”等40多个国家级、省部级名优新产品。
现承担国家自然科学基金、农业部国家茶叶产业技术体系、科技部国家农作物资源平台、农业部农作物种质资源保护项目、农业部种子工程重大项目、农业部948项目、云南省科技计划重大专项等国家、省部级各类科研项目40余项。
“十一五”以来，在新的茶业技术革命中，云南省农业科学院茶叶研究所与时俱进，锐意进取，努力实现建设“中国大叶种茶种质创新研发基地、中国普洱茶工艺创新研发基地、云南省茶叶科技创新研究中心、云南省茶叶科技示范园区、西双版纳茶文化科技旅游园区”五大奋斗目标，为云南、全国茶业的可持续发展继续做出新的贡献。
