除以上常规成分对普洱茶化学品质有重要影响外，普洱茶中所含有的功能成分也是普洱茶功能品质的重要组成。
茶叶中的儿茶素类物质和茶黄素、茶红素等茶色素都具有生理活性，前者在绿茶中含量较高，而后者在红茶中含量较高，但在普洱茶中，它们的含量都已大幅度下降。目前的许多研究认为，普洱茶具有降低血脂与胆固醇、抗动脉硬化、抗氧化作用、减肥、抑菌、助消化、暖胃、生津、止渴、醒酒、解毒等多种功效。在普洱茶中，决定这些生理功能的有效成分究竟是什么物质，目前还不十分清楚。
这些具有生理功能的活性成分可能来自茶叶本身，也可能来自微生物所产生的次级代谢物及茶中成分经过生物转化后的产物，也可能来自是微生物代谢分泌物与茶叶中的成分之间发生结合反应形成新的物质。如茶叶中的没食子酸、水溶性多糖、茶中多糖类物质降解或水解形成的寡糖或多糖体、蛋白质水解形成的功能肽(分短肽与长肽)、微生物分泌的活性多糖或转化形成的糖苷等等。
在普洱茶加工过程中鲜叶中的化学成分发生了复杂变化，与红茶相比，其变化结果发生了根本性改变，并有大量新物质形成。也许正是这些物质和一些尚未发现的物质，赋予普洱茶以特殊的生理功能和品质风味。因此，要深人了解普洱茶的化学品质和功能品质，需要对普洱茶香气和制造化学进行更系统深入的研究。
