明朝皇帝朱元璋废止龙团凤饼，但处在边疆地带的云南，或许由于远离京城的原因，借助“茶马古道”的交易继续着团茶与饼茶的生产。云南的团茶与饼茶尽管没有宋代茶品精致，也可说是唐宋茶品的简单模仿，但这一保留却为后来清朝普洱茶的繁荣奠定了良好的基础。
到了清代，伴随着云南普洱茶的繁荣，茶膏的制作再次悄然出现。它最初是由云南土司采取大锅熬制方法，初创另一种制膏工艺。这种方法显然是借鉴唐宋制作饼茶工艺，只是将“蒸”干脆改成了“煮”。而且这种用大锅熬膏的方法很快通过茶马古道传播到西藏，并迅速被西藏上层人物所接受。
藏族地区的饮茶与汉族不同，他们更喜欢熬茶或煮茶的方法，因此对大锅熬膏情有独钟。很多大的寺院甚至自建熬茶间，其熬制出的茶膏专供活佛级以上的人饮用。这一方法，实际一直保留到。西藏很多大的寺院中仍能看到这种熬茶间及自制的茶膏，证明大锅熬制茶膏的方法一直在延续。
普洱茶在清朝被作为贡品上贡朝廷，但是翻阅清朝的各种史料，我们发现，自乾隆当政以来，云南的普洱茶上贡朝廷的数量相比雍正时期不是在减少，而是逐年扩大。但有一点，是很多人不注意的，那就是少了“普洱茶膏”。我们从很多反映云南上贡的茶品目录中，再也没有看到“普洱茶膏”的影子。是普洱茶膏就此停产？还是清朝皇宫将其逐出，不再列为皇室的饮品？
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而其实在清朝，普洱茶膏并没有停产，而是由皇宫自己制作，这主要有两点原因：第一，当时的云南政治形势极不稳定，经常出现“反清复明”，加之地处在边陲，离京城路途遥远，统治者极为害怕投毒；
第二，云南土法制作的茶膏基本上以熬制为主。这种反复的熬炼与“炼丹术”有点相似，其铅、砷的含量自然很大。加之这种高温会破坏茶叶多种营养物质，失去原有的价值。
于是，乾隆时期，乃至以后的茶膏制作被迁入到清朝皇宫内的御茶房（原址在乾清宫东庑），并且在制作工艺上做了非常大的改进。
清宫御茶房的制茶工匠们在借鉴了宋代“小榨去水，大榨出膏”的工艺基础上，采取了一套近似我们现在低温萃取、低温干燥的工艺，创造了一种新的“压榨制膏”工艺。这种工艺，使用的原料仍然是云南上贡的普洱茶。
非常有意思的是，他们为了选料更精细，或者防范茶中投毒，竟在御茶房之外建了“清水房”，将云南上贡的普洱茶进行“检验—解块—漂洗—检验”。在正式压榨前对原料进行检测和“预处理”。然后将其移到御茶房正式压榨制作，其压榨的整个工艺极其复杂，所有的制作都是在常温下进行，没有任何高温的过程，使生产出的“普洱茶膏”在品质上有了新的提高，一跃成为宫廷制品（又称为“宫廷御品”），使普洱茶膏的制作进入第二个发展阶段。“普洱茶膏”由此正式确立。也就是我们现今俗称的“宫廷普洱茶膏”。
也许，正是因为这一点，才使得当时的药学家赵学敏（公元1719~1805年）在乾隆三十三年（公元1765年）所著的《本草纲目拾遗》中，将“普洱茶膏”正式纳入其中。这是我们从官方的文献中看到的第一个正式称谓：普洱茶膏。
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《本草纲目拾遗》是一部非常严谨的著作，它是继《本草纲目》之后另一部集大成之作。其作者赵学敏是一位治学严谨的药物学家。他出身官宦之家，其父知医，本人自幼爱好医学，勤于钻研。他曾开辟药圃（即养素园），亲自种药，以获取直接经验；同时，又遍游各地采访药物，善于向地方民间医生吸取经验。他一生著述甚丰，大约有十几部专著。但可惜的是，至今只有《本草纲目拾遗》和《串雅》两部留存，其余十几种都已佚失。
《本草纲目拾遗》采录药物921种，其中716种药物为补充明朝李时珍《本草纲目》中未收录的民间草药，其余则是对《本草纲目》所叙述草药形态、主治不够详尽之处加以补充，或纠正同名异物、同物异名的讹误等。更重要的是对《本草纲目》中的欠妥和错误之处加以订正。如《本草纲目》中说，粉锡（铅粉）辛寒无毒，赵学敏则指出有妇人“服铅粉致死，手足皆黯。”说明铅粉有毒，纠正了这一错误。而且赵学敏对于《本草纲目》中分类不恰当的都加以订正。
《本草纲目拾遗》所引据的医药书达282家，引据的经史百家书目也达343家，包括当时罕见的钞本和珍秘本。如汪连仕的《采药书》，李草秘《海药秘录》、《百草镜》，王安卿《采药志》等。另外，该书附录了一些方剂，还辑录了很多嘉庆以前的医学成就。
值得注意的是，《本草纲目拾遗》打破了中医药只强调“国粹”，拒绝外部（指外国）的成就，破天荒地第一次将国外的一些草药（相当于现代的进口药）介绍给了国人。如金鸡勒（即金鸡纳皮）、东洋参、西洋参、鸦片烟、日精油、香草、臭草、烟草等。可见，赵学敏不是一个封闭的学者，其开放的心态足以令当今的中医药学者汗颜。何况，他又是处在乾隆时期极其封闭保守的国度。
不管怎么说，自乾隆年间普洱茶膏正式定名及工艺确立之始，就以特殊的身份位列茶中珍品。由于宫廷对普洱茶膏选料极精，要求极严，必然造成出品量极低，自始至终，没有在社会上流通。
1792年(乾隆57年)，普洱茶膏首次做为国家礼品向到访的英国使团马嘎尔尼馈赠，并就此流入海外。
1925年，清朝皇室解体，普洱茶膏的制作也随之终止。
