普洱茶的后发酵陈化工艺有二种，一是传统工艺，即将生茶(晒青散毛茶和用晒青散毛茶经蒸压成型的紧压茶)贮存于干仓中长时间自然缓慢发酵陈化；二是现代工艺，即将生茶(晒青散毛茶和用晒青散毛茶经蒸压成型的紧压茶)采用湿仓渥堆、人工快速后发酵陈化。
干仓后发酵陈化是在空气相对湿度8O％以下，真菌无法产生的仓贮环境中进行。湿仓后发酵陈化是在空气相对湿度80％以上，真菌容易生长的湿仓环境中进行。干仓后发酵属于自然陈化过程。渥堆发酵陈化，原苏联科学家波波夫认为是氧化酶的“再生”；扎姆哈杰则认为是多酚类在湿热作用下非酶性自动氧化的结果；日本科技工作者富金孝原认为是某些霉菌所分泌的酶类促使茶叶进行发酵；中国学者、西南农业大学刘勤晋教授等认为，霉菌代谢能分泌酶，不仅可分泌氧化酶。而且还可以分泌多种酶类，如淀粉酶、脂肪酶等。同时，在渥堆过程中，抗坏血酸氧化酶、多酚氧化酶、过氧化物酶的活性均比原料茶有较大幅度的增长，其中多酚氧化酶与黑曲霉的增长呈高度正相关（r=o．9241)，与微生物群落的总量消长也呈同一趋势(r=o．9358)，抗坏血酸氧化酶呈增长趋势，过氧化物酶增长缓慢。因此，普洱茶的后发酵陈化是一个微生物及其酶性和非酶性氧化的过程，是形成普洱茶品质的核心。在干仓条件下进行的是长时间自然缓慢的自动氧化和酶性氧化共同作用的陈化过程，而在湿仓和渥堆条件下进行的是人工快速自动氧化和真菌共同作用的陈化过程。
何国藩、林月婵、徐福祥等人的研究表明……从渥堆叶片组织的显微结构变化中证明微生物分泌酶及代谢产生的热量对茶叶内含物的氧化还原反应以及普洱茶甘滑、醇厚、陈香品质的形成起着重要的作用。
陈宗道等人的实验结果表明，在渥堆过程微生物分泌的胞外酶(多酚氧化酶、抗坏血酸酶等)及代谢产生的热量对普洱茶品质的形成起着相当重要的作用。
王增盛等人的实验结果证实，……在微生物胞外酶PPO的酶促作用和湿热作用以及微生物内代谢作用下，以茶多酚、氨基酸、糖类、嘌呤碱等为主体的滋味物质发生了氧化、聚合、降解、分解、转化，使得儿茶素(尤其是酯型儿茶素)和氨基酸总量减少及内部配比改变(人体必需的8种氨基酸增加，可溶性糖减少，单糖、双糖配比改变，嘌呤碱内部相互转化)，使这些鲜、甜、酸、涩、苦、醇味物质，通过消杀、变调、相柔、阻碍等作用，综合协调形成了醇和甘香的品质特点。
罗龙新等人的实验结果显示：……茶多酚减少了60％，儿茶素总量减少了75％，特别是苦涩味极重的酯型儿素已损耗殆尽，80％左右的茶黄素(T和茶红素(TR)氧化、聚合，游离氨基酸减少了60％，可溶性糖下降了40％，茶褐素fiB)增加了130％，水不溶性茶多酚增加了80％，水浸物减少了4％一9％，从而使普洱茶汤中的收敛性和苦涩味物质明显降低，可溶性糖明显示增加(在高温湿热和微生物的共同作用下有利于大分子碳水化合物分解成可溶性糖)，形成了普洱茶色泽红褐、滋味醇厚、香气陈香的品质特征。
胡月龄等人对我国14种紧压茶进行了研究。渥堆过程生成一定数量的根霉，有利于普洱茶形成甜香的品质特点。但由于其分泌果酸酶能力强，渥堆中根霉的滋生会造成普洱茶软化甚至腐烂，所以渥堆过程的每一个阶段都要控制好中温中湿的环境。灰绿曲霉会使茶叶腐烂变质，因此，在渥堆过程宜控制好堆温，改善制茶环境卫生，减轻该菌群的滋生。
在普洱茶的渥堆过程，黑曲霉数量始终处于优势地位，约占微生物总量的80％，酵母菌居次，细菌极少，没有发现致病细菌、霉菌，这是后发酵陈化过程中各种微生物之间拈抗作用的结果。
法国梅奇尼夫教授的实验研究表明，普洱茶在渥堆过程中产生的乳酸菌，不仅会带给细胞活力，同时其成分中的核酸正是细胞的营养素，因此，普洱茶能改善人的老化，使青春再现。
经过后发酵陈化形成的普洱茶，具有外形色泽红褐(或灰褐)、内质滋味浓醇甘甜、汤色红浓明亮、独具陈香的品质特点，并具有比其它茶类更佳的药用保健功效。
