内质决定了这些区别。
从叶片的结构来看，大叶种角质层厚度2～4μm；中小叶种角质层厚度4～8μm，角质层比较薄的叶片抗逆性较差，容易遭受冻害、冷空气的负面影响，但是同时却利于容纳更多的内含物，中小叶种反之。
大叶种栅栏组织通常只有1层，遮荫下会增加；中小叶种有栅栏组织2层，多达3层。大叶种栅栏组织细胞内叶绿体较多，有60～l00片层，光合速率较高，海绵组织比较多而松，叶背的气孔大而细，叶色多带黄绿，叶尖较锐长，梗和节间长，单位叶片面积的气孔数较少，气孔的保卫细胞较大，蒸腾速率快；小叶种栅栏组织细胞内叶绿体较少，有20～40片层，光合速率较低，海绵组织少而密，叶背气孔多而密，叶色多浓绿：叶尖较钝。据严学成研究，大叶种茶树气孔密度约l00个／mm2，最多为150～180个／mm2；中小叶种约200～260个／mm2。
这样造成的结果就是大叶种的光合作用非常旺盛，蒸腾速率极快，最终导致的结果就是其内质积累丰富，厚度足，非常耐泡；以碳元素代谢为主的茶多酚含量较高，尤其是酯型儿茶素含量较高，而发酵针对的转化对象恰恰是多酚类物质，比如红茶中浓强度最高的滇红。中小叶种由于光合作用较弱，导致其碳元素代谢少，多酚含量较低，整体内质偏淡，显而易见的是就水浸出物衡量内含物，大叶种甚至可以达到50%的水浸出物率，而中小叶种极少可以达到40%，这种先天性的区别导致了二者在渥堆发酵中的区别。
大叶种以丰富的内质和极高的茶多酚含量，经受住了渥堆发酵中一系列高温高湿和种类数量多样的酶类的催化反应，内质虽有损耗但凭借厚实的茶底也不会在厚度、耐泡度方面落后生茶多少。但中小叶种不仅内质薄，茶多酚含量也低，再经过长时间的渥堆，内质基本就所剩无几了，这严重背离了大叶种茶的特质，被淘汰意料之中。
