普洱茶由于在渥堆过程中有微生物参与，因此其内含成分与红茶、绿茶有很大差异，主要表现为茶多酚和儿茶素类化合物含量在渥堆过程中有明显降低，茶黄素和茶红素的含量也不高，氨基酸和糖类含量也有减少，但也形成了许多特异的香气化合物。许多具有陈香特征的香气组分，如壬醛、芳樟醇、氧化芳樟醇、癸醇、1-乙基，2-甲酰基吡咯、苯乙醛的含量明显较高；此外，没食子酸和1，2-二甲氧基-4-甲基苯，1，2，-二甲氧基-4-乙基苯以及1，2，3-三甲氧基4-乙基苯含量明显增加。因此，普洱茶除了多酚类化合物、茶黄素的作用外，二甲氧基和三甲氧基衍生物都是具有强抗氧化作用的物质。
关于有没有有害微生物(如黄曲霉菌)问题，据台湾大学孙璐西教授(2003)报道，她在模拟的普洱茶渥堆过程中接种黄曲霉菌，均未检出有黄曲霉菌，因为在渥堆的普洱茶中具有各种无害的酵母菌，它们占有优势，黄曲霉菌无法生存繁殖。在将渥堆的普洱茶消毒后接种黄曲霉菌，由于没有酵母菌的优势种，黄曲霉菌可以微量生长(1.05μg／kg)，但低于卫生标准。
