研究RAPD主要是研究分析它们的核、线粒体、叶绿体中的染色体，与培养条件无关。对3个成熟的无性系良种茶树，即双倍体品种UPASI26、UPASI27和三倍体品种UPASI3（前两个品种代表中国小叶种，后一品种代表印度阿萨姆种）的节外植体，应用能促进腋芽分化的组织培养技术获得微繁植株，利用复合分子DNA标记技术，通过分析它们的核、线粒体、叶绿体中的染色体，对其基因完整性进行了评价。
对微繁植株及相应母株U（UPASI）26、U3和U27，分别使用RAPD、ISSR和RFLP印迹标记术获得了总数为465、446、462个遗传轨迹。RFLP印迹标记术是在84对酶和探针组合中，采用了6个限制性内切核酸酶消化和14个线粒体和叶绿体基因探针；在PCR印迹标记法中，50个RAPD和SSR引物被用来扩增。在对U3和U27微繁植株分析的446个和462个遗传轨迹中，显示出完整的遗传稳定性，而U26微繁植株和465个遗传轨迹中，却有36个（占7.7%）是多态的。这些多态轨迹并不限于特定的核或细胞器的染色体中，但核染色体中的多态性水平相对较低，为7.43%；线粒体染色体中为16.3%。
ISSR法检出的多态轨迹（12.8%）比RAPD法（4.28%）高。在3个品种微繁植株的叶绿体染色体中没有发现多态性。这是首次发现由分生组织发育的茶树微繁植株在DNA序列水平存在微妙的基因差异，这也表明通过分生组织培养的植株并不总是纯种的。可见，无性茶树的染色体变异是基因型的，与培养条件无关。
