虽然明朝废止龙团凤饼，但处在边疆地带的云南，或许由于远离京城的原因，借助“茶马古道”的交易继续着团茶与饼茶的生产。云南的团茶与饼茶尽管没有宋代茶品精致，也可说是唐宋茶品的简单模仿，但这一保留却为后来清朝普洱茶的繁荣奠定了良好的基础。到了清代，伴随着云南普洱茶的繁荣，茶膏的制作再次悄然出现。它最初是由云南土司采取大锅熬制方法，初创另一种制膏工艺。这种方法显然是借鉴唐宋制作饼茶工艺，只是将“蒸”干脆改成了“煮”。而且这种用大锅熬膏的方法很快通过茶马古道传播到西藏，并迅速被西藏上层人物所接受。
藏族地区的饮茶与汉族不同，他们更喜欢熬茶或煮茶的方法，因此对大锅熬膏情有独钟。很多大的寺院甚至自建熬茶间，其熬制出的茶膏专供活佛级以上的人饮用。这一方法，实际一直保留到现在。我们从现在西藏很多大的寺院中仍能看到这种熬茶间及自制的茶膏，证明大锅熬制茶膏的方法一直在延续。云南茶人为什么不直接采用宋代的制膏工艺，而是采取并不科学的大锅熬制方法？这已成为不解的谜。
从科学的角度看，大锅熬制茶膏确实存在诸多问题:一是茶叶在反复高温的熬制中，其诸多的生物酶消失，使茶膏后续的转化缺乏“动能”，只能向霉变转化。不可能长期存放;二是茶叶在高温的状态下，大量营养物质会随水蒸汽一并挥发。必然造成产品的某种缺失。或许是当时科技的落后，人们并不了解这些，甚至误认为此种工艺简便可行，而忽视内在品质。因此，直到现在，很多人也误认为普洱茶膏就是大锅熬制而成，因为毕竟在清朝初年，雍正皇帝也将这种茶膏调入皇宫做为贡品。因此，我们也可以这样说，大锅熬膏属于普洱茶膏发展的第一阶段，只能定性为土制(土方法)，与后来皇宫“御制”的茶膏有很大的差别。
清乾隆年间，由于大锅熬制茶膏存在的品质问题，加上皇室从饮用安全性的角度考虑(因那时云南一直不稳定，害怕投毒)，因此把茶膏的制作，直接迁入到清朝皇宫内的御茶房(原址在乾清宫东庑)。并且在制作工艺上做了非常大的改进。清宫御茶房的制茶工匠们在借鉴了宋代“小榨去水，大榨出膏”的工艺基础上，采取了一套近似我们现在低温提取、低温干燥的工艺，使其生产出的“普洱茶膏”跃上了新的台阶，进入第二个发展阶段。“普洱茶膏”也由此正式定名。
也许，正是因为这一点，才使得当时的药学家赵学敏(公元1719——1805年)在乾隆三十三年(公元1765年)所著的《本草纲目拾遗》中，将“普洱茶膏”纳入其中。这是从官方的文献中看到的第一个正式称谓：普洱茶膏。这里指的“普洱茶膏”就是指清朝皇宫御茶房制作出的茶膏，而非民间大锅熬制茶膏。因为《本草纲目拾遗》是一部非常严谨的著作，它是继《本草纲目》之后另一部集大成之作。其作者赵学敏又是一位治学严谨的药物学家，从他对普洱茶膏的描述中，我们不难发现，他对普洱茶膏乃至普洱茶有着非常深刻的了解。他不可能将大锅熬制的茶膏——这么简单、且又丧失药效的物品纳入药学名单中。
1792年(乾隆57年)，普洱茶膏首次做为国家礼品向到访的英国使团马嗄尔尼馈赠，并就此流入海外。1925年，清朝皇室解体，普洱茶膏的制作也随之终止。建国后五十年代，中茶公司接受国家任务，要求勐海、下关等几个企业赶制一批茶膏，供给援藏干部，大约三千斤左右，但这几亇企业仅生产了一千多公斤后，就停产了。原因是这种质量较差的茶膏不被援藏干部接受，自然也就没有了下文。初步分析，是因为仍然沿用大锅熬制方法所致。茶膏自此又一次销声匿迹。
